1948-1952

אלוף: צבי איילון ז"ל

מחש"פ: -----------

מלחמת העצמאות והקמת צה"ל. פיקוד על הממשל הצבאי בערים/ישובים ערביים מובהקים בתחומי המדינה שנכבשו במלחמת העצמאות. קבירת עצמות הרצל, הכרזה על ירושלים כבירת ישראל, רצח מלך ירדן עבדאללה בירושלים ופעולות התגמול מול מחבלים הפועלים מגזרת ירדן.

1952-1954

אלוף: יוסף אבידר ז"ל

מחש"פ: -----------

פיקוד על הממשל הצבאי בערים/ישובים ערביים מובהקים שבתחומי המדינה, ביצוע פעולות תגמול אל מול המחבלים, הקמת יחידת ה-101 ותקריות בגבול הירדני ובאזורים מופרזים.

1956-1958

אלוף: צבי (צ'רה) צור ז"ל

מחש"פ: -----------

פיקוד על הממשל הצבאי בערים/ישובים ערביים מובהקים שבתחומי המדינה. במבצע קדש, פיקוד המרכז היה אחראי למרחב רצועת עזה, המשך תקריות ביטחונית וחקלאיות (1951).

1958-1959

אלוף: מאיר עמית

מחש"פ: -----------

פיקוד על הממשל הצבאי בערים/ישובים ערביים מובהקים שבתחומי המדינה. תקריות ביטחוניות לאורך ה"קו העירוני" בירושלים ובאזורים מופרזים.

1960-1966

אלוף: יוסף גבע ז"ל

מחש"פ: עמיר פורר (1963-1971)

בשנת 1966 הסתיימה תקופת הפיקוד כממשל צבאי בערים/ישובים ערביים מובהקים בתחומי המדינה שנכבשו במלחמת העצמאות, תקריות ביטחוניות לאורך ה"קו העירוני" בירושלים ובאזורים המופרזים, העלאת גופות זאב ז'בוטינסקי ורעייתו וקבורתם בהר הרצל.

1966-1968

אלוף: עוזי נרקיס ז"ל

מחש"פ: עמיר פורר (1963-1971)

מלחמת ששת הימים- איחוד ירושלים וכיבוש שטחי יהודה ושומרון. לאחר המלחמה קבלת אחריות ביטחונית ואזרחית על שטחי יהודה ושומרון וביצוע פעולות תגמול נגד  בסיסי מחבלים בירדן.

1968-1972

אלוף: רחבעם זאבי ז"ל

מחש"פ: רפאל ניצן (1971-1973)

ביצוע פעולות תגמול נגד בסיסי המחבלים בירדן והקמת מערך חסימה ובלימה לאורך נהר הירדן, תחילת חידוש ההתיישבות היהודית בגוש עציון.

1973-1977

אלוף: יונה אפרת ז"ל

מחש"פ: אברהם גת גוטמן (1973-1975)

פעולות תגמול בגבול מול מחבלים שנותרו בירדן וניסו לפעול ממנה לישראל. במלחמת יום כיפור אחריות שילוחית לכוחות הפיקוד שנלחמו בגזרות השונות.

1977-1981

אלוף: משה לוי ז"ל

מחש"פ: מגל יוחנן (1978-1980)

העברת הסמכויות האזרחיות ביהודה ושומרון בשנת 1981 למנהל האזרחי, לחימה בטרור באיו"ש ומלחמת שלום הגליל – הקמת אוגדת איו"ש.

1981-1983

אלוף: אורי אור

מחש"פ: אנטול שפיגל (1980-1983)

לחימה בטרור באיו"ש וחסימת גבול ירדן, המשך ההתיישבות היהודית באיו"ש.

איחוד יחש"מ 652 עם יחש"מ 650 ליחש"מ אחד מרחבי.

1983-1986

אלוף: אמנון ליפקין שחק

מחש"פ: אפרים למברג (1983-1985)

לחימה בטרור באיו"ש וחסימת גבול ירדן ,המשך ההתיישבות היהודית באיו"ש.

1986-1987

אלוף: אהוד ברק

מחש"פ: אליהו בן מנחם (1985-1987)

לחימה בטרור באיו"ש הביאה להקמת יחידה ללוחמה בטרור באיו"ש יחידת דובדבן, המשך ההתיישבות היהודית באיו"ש.

1987-1989

אלוף: עמרם מצנע

מחש"פ: יהושע שדה (1987-1989)

כהונתו אופיינה בהתמודדות מול הפרות ספר המוניות אשר החלו עם פרץ ה"התקוממות" (אינתיפאדה ראשונה) בשנת 1987.

1989-1991

אלוף: יצחק מרדכי

מחש"פ: זאב קליין (1989-1992)

כהונתו אופיינה בלחימה עיקשת בפח"ע עממית והתמודדות מול ה"התקוממות הראשונה" והכנת הפיקוד אל מול הזירה המזרחית טרם מלחמת המפרץ ובמהלך מלחמת המפרץ פיקד על הפיקוד טרם הקמת פיקוד העורף.

1991-1993

אלוף: דני יתום

מחש"פ: פסח מורנו (1992-1994)

כהונתו אופיינה בלחימה עיקשת בפח"ע עממית והתמודדות מול ה"התקוממות הראשונה".

1993-1994

אלוף: נחמיה תמרי ז"ל

מחש"פ: פסח מורנו (1992-1994)

כהונתו אופיינה בלחימה עיקשת בפח"ע עממית והתחלת יישום התהליך המדיני בין מדנית ישראל לרשות הפלסטינאית.

התחלת תוכנית פיקודית "קשת צבעים" - חלוקת יהודה ושומרון לשטחים בטחוניים:A , B , C .. אירועי מערת המכפלה והתגברות האירועים של ההתקוממות השניה.סגירת יחש"מ גב ההר והשתלבותו במסגרת יחש"מ 650 .

1994-1995

אלוף: אילן בירן

מחש"פ: טומי לייבוביץ (1994-1996)

כהונתו אופיינה בלחימה עיקשת בפח"ע עממית, במקביל להיערכות מחדש ע"פ הסכמי אוסלו ב', הסכם השלום עם ירדן.

1996-1998

אלוף: עוזי דיין

מחש"פ: חיים רונן (1996-1999)

כהונתו אופיינה בלחימה עיקשת בפח"ע עממי מול הרשות הפלסטינאית במסגרת אירועי "ברזל לוהט" , מהומות מנהרת הכותל והפעלת תוכנית "שדה קוצים" שתוכננה בתקופתו, הידוק הקשר הבטחוני עם ירדן.

1998-2000

אלוף: משה בוגי יעלון

מחש"פ: דני ליכטמן (1999-2002)

כהונתו אופיינה בלוחמה עיקשת מול הטרור שפרצה בספטמבר 2000 במקביל לתהליך המדיני מול הרשות הפלסטינאית.

2000-2002

אלוף: יצחק איתן

מחש"פ: דני ליכטמן (1999-2002)

כהונתו אופיינה בלחימה עיקשת נגד טרור ופיגועים בישראל – "האינתיפאדה השנייה". הלחימה כונתה "גאות ושפל" ושיאה היה במבצע "חומת מגן" בחודש מרץ 2002. במבצע חזר צה"ל והשתלט על כל שטחי יהודה ושומרון, פגע קשות בכל תשתיות הטרור והפיגועים והחזיר את השקט והביטחון לתושבי ישראל.

2002-2005

אלוף: משה קפלינסקי

מחש"פ: שלמה רוטנברג (2002-2004)

כהונתו אופיינה בהמשך הלחימה בתשתיות הטרור תוך חיזוק שיתוף הפעולה עם השב"כ ואמ"ן, יצירת חופש פעולה מבצעי בתוך הערים הפלסטינאיות. הוביל את הקמת "גדר הביטחון".

2005-2007

אלוף: יאיר נווה

מחש"פ: גיורא אלמוג (2004-2007)

כהונתו אופיינה בלחימה בטרור בעיקר בערי צפון השומרון כגון שכם וג'נין ובהורדת רף הטרור בעורף מדינת ישראל. במקביל עסק הפיקוד באכיפת החוק והסדר באיו"ש, פינוי עמונה וכן יישום תוכנית התנתקות ופינוי הישובים חומש, שאנור, גנים וכדים. יישום הפקת לקחי מלחמת לבנון השנייה בקרב יחידות הפיקוד שלקחו חלק במלחמה.

2007-2009

אלוף: גדי שמני

מחש"פ: אליעזר בן הרוש (2007-2010)

פיקוד המרכז המשיך בלחימה בטרור בעיקר מול ארגון החמאס והג'יאד האיסלמי, כל זאת תוך תיאום ביטחוני עם מנגנוני הרשות הפלסטינאית. יחידות הפיקוד התעצמו באימונים לקראת התפתחויות אפשריות.

2009-2012

אלוף: אבי מזרחי

מחש"פ: אליעזר בן הרוש (2007-2010)

מישל ינקו (2010-2012)

פיקוד המרכז המשיך בלחימה בטרור בעיקר מול ארגון החמאס והג'יאד האיסלמי, כל זאת תוך תיאום ביטחוני עם מנגנוני הרשות הפלסטינאית. בתקופה זו נערכו המבצעים "עמוד ענן" ו- עופרת יצוקה" שבמהלכם הפיקוד לקח חלק בלחימה בהיבטי ההגנה במרחב, לחימה בעומק הערים ושילוח סד"כ.

2012-2015

אלוף: ניצן אלון

מחש"פ:
מישל ינקו (2010-2012)

בצלאל חיון (2012-2014

פיקוד המרכז המשיך בלחימה בטרור בעיקר מול ארגון החמאס והג'יאד האיסלמי, כל זאת תוך תיאום ביטחוני עם מנגנוני הרשות הפלסטינאית. בתקופה זו נערכו המבצעים "שובו אחים" "צוק איתן" שבמהלכם הפיקוד לקח חלק בלחימה בהיבטי ההגנה במרחב, לחימה בעומק הערים ושילוח סד"כ.

2015-2018

אלוף: רוני נומה

מחש"פ: יניב חדד (2014-2016)

אלי בוקובזה (2016-2018)

פיקוד המרכז המשיך בלחימה בטרור בעיקר מול ארגון החמאס והג'יאד האיסלמי, כל זאת תוך תיאום ביטחוני עם מנגנוני הרשות הפלסטינאית.העברת אוגדה 162 על יחידותיה ת"פ פיקוד הדרום.העברת גדוד 638 ת"פ אגד ארצי 650 .

2018-2019

אלוף: רוני נומה

מטל"פ:אלי בוקובזה (2016-2018)

קובי דקר (2018-2020)

פיקוד המרכז המשיך בלחימה בטרור בעיקר מול ארגון החמאס והג'יאד האיסלמי, כל זאת תוך תיאום ביטחוני עם מנגנוני הרשות הפלסטינאית.

2018-2019

אלוף: נדב פדן

מטל"פ: קובי דקר (2018-2020)

פיקוד המרכז המשיך בלחימה בטרור בעיקר מול ארגון החמאס והג'יאד האיסלמי, כל זאת תוך תיאום ביטחוני עם מנגנוני הרשות הפלסטינאית.

אלוף תמיר ידעי , מטל"פ : אל"מ חוגי נחום

אלוף יהודה פוקס, מטל"פ : חוגי נחום