ערב מלחמת ששת הימים ובעקבות כניסת הכוחות המצרים
לתוככי סיני, סילוק כוחות האו"ם וסגירת המייצרים, נקראה
מפקדת האוגדה להשתלב בתוכנית ההגנה של פיקוד הדרום
כדי למנוע כל אפשרות של חדירת טורי השריון המצריים אל
מעבר לגבולותיה של מדינת ישראל. מפקדת האוגדה פקדה
על הכוחות שתוכננו להגן בצפונה של החזית אל מול כוחות
.מצריים שכבר חנו בפתחת רפיח ובדרומה של רצועת עזה
במקביל להתארגנות שולבה מפקדת האוגדה בסיוע להקמת
מערך ההגנה של הישובים על גבול הרצועה. תחת פיקודה
.באותה עת עמדו חטיבה משוריינת 60 וחטיבת הרגלים 11
"ב- 24 במאי הורדה מפקדת האוגדה לאזור "מלבן עובדת
.והוחזרה צפונה כשנקבעה לכוח העתודה הפיקודי

 
 

האוגדה כמפקדה משימתית קבלה תחת פיקודה כוחות בהרכבים ובציוותים שהשתנו , בהתאם לנסיבות
ולתוכניות במהלך כל תקופת ההמתנה. מלבד חטיבות הטנקים עמדה לרשות האוגדה גם מפקדת האגד
.הארטילרי 214 בפיקודו של סא"ל יהודה נאות ומפקדת אגד תחזוקה 812 בפיקודו של סא"ל משה צפלר
. לאגד התחזוקה סופחו גדוד הספקה וגדוד שרותי חימוש מאולתרים וכן בית חולים שדה מס' 283
ערב המבצע ומשהתברר כי כוחות פיקוד הדרום יצאו להתקפה אל מול מערכי המצרים קיבלה האוגדה
משימה חריגה. בעוד שתי אחיותיה , אוגדת האלוף טל ואוגדת האלוף שרון הופעלו בהתקפה חזיתית
להבקעת מערכי המצרים בפתחת רפיח ובפתחת ניצנה – אבו עגילה תוכננה אוגדת הדרום בפיקודו של
האלוף יפה לחדור בין המערכים לצלוח את מרחב החולות שנחשב לאזור שאינו עביר לכוחות משוריינים
ולהגיע אל עורפם של מערכי ההגנה המבוצרים. כאן היו הכוחות אמורים להלחם בכוחות הניידים של
הצבא המצרי, כוחות השריון והכוחות הממוכנים שהיו מופקדים על התקפות הנגד ועל תפיסת מערכי
.העומק כדרג שני של הצבא המצרי
המפקדה שתוגברה עתה באל"ם אברהם אדן (ברן) סגן מפקד גייסות השריון, שמונה לסגן מפקד האוגדה, דילגה
.אל עבר שלוחת הר קרן, ההר הצופה על כל מרחב הגבול ומאפשר שליטה על כוחות הנעים אל עומק המערך המצרי